Pri sekundarnem čiščenju se odstranijo topne organske snovi, hranila, kot sta dušik in fosfor, ter večina suspendiranih snovi, ki je ostala po primarnem čiščenju. Najpogosteje se uporabljajo biološki procesi, pri katerih mikroorganizmi presnavljajo organske spojine in nutrienti, da rastejo in se razmnožujejo. Najpogostejša procesa biološkega sekundarnega čiščenja sta sistem s pritrjeno biomaso in sistem z razpršeno biomaso. Proces z razpršeno biomaso spodbuja rast flokul oziroma kosmov suspendiranih mikroorganizmov, ki so že prisotni v odpadni vodi in v povratnem aktivnem blatu. Kosmi vsebujejo organizme, ki lahko odstranjujejo onesnaževala v aerobnih, anoksičnih in anaerobnih okoljih. Po odstranitvi onesnaževal se kosmi pošljejo v sekundarni usedalnik, kjer se zaradi težnosti ločijo od vode. Del blata na dnu sekundarnega usedalnika se nato spelje naprej, kjer se zmeša s primarnim iztokom (povratno aktivno blato), pri čemer nastane mešana gošča. Preostali del blata se odstrani iz procesa (odpadno aktivno blato) in predstavlja idealno ekologijo mikroorganizmov. Sistemi s pritrjeno biomaso temeljijo na združevanju mikroorganizmov na nosilcih in nastajanju biofilma. Odplake po posedanju se zmešajo ali razpršijo po nosilcih, prekritih z biofilmom, kjer mikroorganizmi odstranjujejo onesnaževala. Kot pri procesih z razpršeno biomaso se delci biofilma in suspendirani kosmi usedajo v sekundarnem usedalniku, pri čemer se tako nastalo blato reciklira in odloži, prečiščena voda pa spelje v naslednji proces.
Da je biološko čiščenje učinkovito, organizmi potrebujejo uravnoteženo razmerje nutrientov, kot so ogljik, dušik in fosfor (razmerje C : N : P), ter elementov v sledeh, kot so železo, baker, cink, nikelj, mangan, kalij, žveplo in druge snovi, ki so običajno prisotne v odpadnih vodah. Splošno sprejeto razmerje C : N : P je 100 : 5 : 1, čeprav nekatere čistilne naprave zelo uspešno delujejo pri drugačnem razmerju, pri drugih pa se pojavljajo tvorbe polisaharidne sluzi in razraščanje nitastih bakterij, ki zavirajo biološke procese in usedanje v sekundarnem usedalniku.
Sekundarno čiščenje lahko vključuje različne biološke procese, kot so prezračevalni bazeni s čepastim tokom, prezračevalni bazeni s popolnim premešanjem, sekvenčni biološki reaktorji, oksidacijska ležišča, kapljalni filtri, reaktorji s plavajočimi nosilci biomase (MBBR), aktivno blat s pritrjenim biofilmom in druge.
Biološko odstranjevanje hranil (BNR) je spreminjanje okolje mikroorganizmov tako, da ti iz vode odstranjujejo dušik in fosfor. Proces BNR vključuje anaerobne (odsotnost kisika ali nitrata), anoksične (odsotnost kisika, nitrat je prisoten) in aerobne (s kisikom) faze, med katerimi se voda pretaka skozi niz komor, v katerih potekajo različne biološke funkcije.
Uporabljajo se lahko tudi procesi kemičnega čiščenja, kot je kemično odstranjevanje fosforja. Z dodajanjem kemičnih sredstev za obarjanje v prezračevalne bazene in usedalnike se fosfor odstranjuje s flokulacijo, pri čemer se veže v netopne spojine, ki se posedajo in nato odstranijo kot blato.